Інколи заради встановлення діагнозу необхідно застосувати методі пункціїйної біопсії— забір мікроскопічної частини кістки, тканини чи суглоба для аналізу. Забір проводять у стерильний умовах, під місцевим знечуленням спеціальним інструментом через цілісну, непошкоджену шкіру. Навіть звичайний візуальним огляд пунктату (отриманих частин) дає багато інформації для встановлення діагнозу.
Методі пункційної біопсії має дуже важливе значення, коли йдеться про діагностику онкологічних захворювань. Також його можна застосовувати із лікувальною метою.